Sek. Men. Keb. Agama Sandakan (SMAS) merupakan sebuah sekolah aliran agama yang diwujudkan di kawasan Sandakan. Ia secara rasminya dilancarkan pada 28 November 1989 dengan pengetua pertamanya iaitu Ustaz Hasbullah Awang Naib. Pengambilan pelajar pertama adalah seramai 105 orang pelajar dan pemilihan ini dibuat oleh Jabatan Pendidikan Sabah sendiri. Pendaftaran pelajar bermula pada 28 Disember 1989 dan 3 kelas untuk tingkatan 1 diwujudkan.
Sebagai permulaan SMAS beroperasi di bangunan kilat SMK Elopura sementara bangunan baru dibangunkan. Atas keperihatinan pihak Kementerian Pendidikan, akhirnya sekolah ini mendapat tapak dan bangunan kekal bernilai RM25 juta di Taman Mawar, Sandakan. SMAS telah berpindah ke bangunan baru pada 19 April 2002. Manakala tapak SMAS yang lama telah diserahkan kembali kepada pemilik yang asal iaitu SMK Elopura Batu 11. SMAS merupakan sebuah sekolah yang terbesar di negeri Sabah. Pada tahun 2009 bilangan pelajarnya sudah mencecah 498 orang.
SMK Agama Sandakan merupakan salah sebuah sekolah berasrama daripada 8 buah SMKA di Sabah iaitu :
• SMKA Kota Kinabalu
• SMKA Sandakan
• SMKA Tun Datuk Mustapa Kinarut
• SMKA Inanam
• SMKA Limauan Kimanis
• SMKA Tun Said Kota Belud
• SMKA Mohd Ali Ranau
• SMKA Tun Sakaran Semporna
